Evanjelické kolegiálne gymnázium bolo znovu zriadené 2. 9. 1996. Za cieľ si stanovilo nadviazať na všetky slávne a dobré tradície, hodnoty, ktoré prospeli cirkvi, národu a vlasti, lebo ich znovuzrodenie v progresívnom duchu je nutné a potrebné aj v dnešnej spoločnosti.

Ministerstvo školstva Slovenskej republiky a Dištriktuálne presbytersvo ECAV schválilo s platnosťou od 1. 9. 2005 alternatívny učebný plán pre obe formy gymnaziálneho štúdia - osemročné i štvorročné. Tento učebný plán umožňuje, aby si študenti v maturitnom ročníku mohli vybrať tie predmety, z ktorých budú maturovať a tie, ktoré budú pre nich profilové pre ďalšie štúdium na vysokej škole. Evanjelické kolegiálne gymnázium pokračuje vo svojej činnosti ako gymnázium osemročné - príma, sekunda, tercia, kvarta, kvinta, sexta, septima , oktáva  a štvorročné, so zameraním na cudzie jazyky, pričom prvým jazykom je jazyk nemecký, druhým anglický, latinský a ruský. Študenti majú možnosť pripravovať sa na nemecký certifikát KMK (Kultus ministerium Konferenz) druhého stupňa, umožňujúci štúdium v nemecky hovoriacich krajinách.